本发明公开了一种基于主动式目标探测原理的超短基线水下定位方法，包括：采用微控制器产生GOLD序列；根据所述GOLD序列采用调制器对正弦信号调制形成调制信号；采用匹配放大器将调制信号匹配放大；根据匹配放大后的调制信号采用换能器发出超声入射波；采用接收基阵接收所述超声入射波接触到待定位物体后反射的超声回波；采用滤波放大器将所述超声回波滤波放大；采用微控制器采集和解调经滤波放大的超声回波得到回波序列信号；利用FFT算法计算回波序列信号的周期与相位；根据周期和相位采用物理定律与立体几何之间的关系得到待定位物体的三维坐标。本发明还公开了一种基于主动式目标探测原理的超短基线水下定位系统。本发明可以实现多系统多目标检测。