本发明公开一种适用于超浅覆土条件下的水下隧道施工方法，在水域范围之外且是在拟建隧道轴线的两端各施工一个工作竖井；在拟建隧道结构外的两侧外壁及底部顶进多根钢管，在钢管内敷设第一冻结管，并在钢管内填充混凝土；在拟建隧道结构顶板上水下铺设多个槽型钢模板，对槽型钢模板进行水下浇筑混凝土，回填土至原河床标高；向位于最外侧的槽型钢模板的侧壁施工第二冻结管；启动冷冻系统对周边土体进行冻结；挖除拟建隧道范围内的土体完成拟建隧道施工。克服了盾构法、矿山法和全断面管幕法在超浅覆土条件下无法实施的缺点；与沉管法和围堰明挖法相比，具有水下基坑开挖深度浅，不需浮运和沉放，具有对通航和防洪和影响小的优势。