一种嗜热碱性果胶裂解酶基因、工程菌、嗜热碱性果胶裂解酶及其应用，属于生物工程技术领域。该工程菌的保藏编号为CGMCC No.11460，分类命名为大肠埃希氏菌Escherichia coli，保藏单位为中国微生物菌种保藏管理委员会普通微生物中心，保藏日期为2015年9月29日。本发明主要公开嗜热碱性果胶裂解酶，最适反应温度为70℃，最适Ca2+浓度为0.8mM，底物为0.2％(w/v)多聚半乳糖醛酸，pH 9.5。该酶在最适pH 9.5、Ca2+0.8mM、70℃时酶比活为900U/mg；在70℃保温下，半衰期为6h；经过镍柱纯化处理后CbPelC可达到50mg/L(1L发酵液)。本发明所述嗜热碱性果胶裂解酶的耐热性和产量有大幅度挺高，更加适应现代工业生产要求，也为工业大规模生产碱性果胶酶提供了有效地方法。