本发明提供一种雷击故障侵入波与接地故障侵入波的辨识方法与系统，获取变电站故障侵入波，分析变电站故障侵入波主波能量分布范围，获取雷击故障侵入波主波能量分布范围以及接地故障侵入波主波能量分布范围，根据变电站故障侵入波主波能量分布范围、雷击故障侵入波主波能量分布范围以及接地故障侵入波主波能量分布范围，辨别变电站故障侵入波为雷击故障侵入波或为接地故障侵入波。整个过程中，利用雷击故障侵入波主波和接地故障侵入波主波不同的能量分布范围，高效且准确辨别变电站故障侵入波为雷击故障侵入波或为接地故障侵入波。