本发明提供了一种基于配置无关位的FPGA电路逻辑覆盖优化方法，基于一个给定的电路，通过电路仿真，敏感度评估等方法，获得所有LUT中具有CDC特性的配置位，并以反向拓扑排序方法，对所有LUT中的无关位进行重新赋值，使发生在LUT扇入逻辑和互连中的单粒子翻转软错误得到有效地屏蔽，从而使由这类软错误引起的系统错误率降到最低。在不改变电路逻辑功能的情况下改变目标线网的信号概率，实现用户电路的逻辑优化。使用本发明可以提高FPGA中用户电路的可靠性，且不增加额外的电路资源开销。