一种轮边电机驱动的故障处理方法及系统，方法包括：S1、整车控制器实时计算得到两个轮边电机的转矩比例系数，并实时获取两个电机控制器实时上报的各自当前可输出的转矩最大值，其中，转矩最大值为电机限功率故障时对应的转矩限制值或者电机正常运行时的转矩标定值；S2、整车控制器根据所述转矩比例系数和两个电机控制器的当前可输出的转矩最大值为两个轮边电机分配转矩以使两个轮边电机协调运行。本发明在发生限功率故障时，可使轮边电机系统不会因某一电机限功率后转矩下降而使整车跑偏，保证左、后轮协调驱动；进一步的，在发生停机故障时，电机控制器通过硬线发送停机信号给另一个电机控制器以通知另一个电机控制器停机，减少故障响应时间。