本发明公开了一种基于激光雷达测深系统确定海水深度的方法，利用激光雷达测深系统进行激光发射和回波探测，然后对回波数据进行分析处理。由于系统噪声、背景噪声及数字化处理带来的误差等非理想因素会对算法处理带来很大影响，造成深度计算结果出现很大偏差，因此在进行波形识别之前，应首先对波形数据进行预处理，即进行滤波处理，然后基于高斯函数拟合海面和海底回波、四角函数拟合水体后向散射的方式对波形数据进行拟合处理，同时对拟合结果进行检验，将满足检验要求的拟合参数用于水深计算，从而实现测深目的，同时满足系统高精度测量的标准。