本发明属于中低速磁悬浮交通工程低置线路技术领域，并公开了中低速磁浮单线挖方地段独立墩柱式承轨梁过渡段结构，包括桩基承载结构、钢筋混凝土承轨梁底板、钢筋混凝土梁式结构、承轨梁两侧回填填料、桥梁桥台和端墙，桩基承载结构设置有多根，每根桩基承载结构的顶端承接钢筋混凝土承轨梁底板；钢筋混凝土承轨梁底板的顶端承接所述钢筋混凝土梁式结构；承轨梁两侧回填填料旁设置有排水沟，排水沟远离承轨梁两侧回填填料的一侧所述设置有排水坡。本发明长期稳定性更好，既满足对承轨梁结构变形和工后沉降的高要求，又满足基床长期稳定性、耐久性和施工质量的可控性的要求，有效实现磁悬浮高架结构与低置线路过渡段F轨的平顺过渡。