本发明属于电机控制器领域，提供了一种用于电机控制器的功率器件控制与过温保护系统及方法。本发明由电流模块获得三相电流，电压模块获得三相下桥臂导通电压，第一CLARKE/PARK变换单元获取d轴电流和q轴电流，第二CLARKE/PARK变换单元获取d轴电压和q轴电压，控制模块根据q轴电流和q轴电压获取功率器件的内阻，并得到功率器件的最大漏源电流驱动矢量控制单元相应地控制功率器件的工作状态。从而实现功率器件在常规工作温度以下，随温度降低而增大输出功率，以充分利用其通流能力，提升电机控制器转矩输出；在常规工作温度以上，随温度升高而降低输出功率，防止长期高温运行损坏功率器件，降低其损坏的概率。