本发明公开了三种石菖蒲中含氮化合物的制备方法，其包含以下步骤：(1)将经水提醇沉的石菖蒲药材提取物的上清液，用大孔吸附树脂吸附，洗脱树脂，得洗脱液，即获得石菖蒲提取物；(2)将所述的石菖蒲提取物经过经硅胶柱层析，梯度洗脱，通过薄层色谱检测，合并相同比移植斑点对应的硅胶柱洗脱液，先后得到5个流分Fr.1～Fr.5；分别得流分Fr.2、Fr3、Fr4，即可；其中薄层色谱检测的条件如下，展开剂为正丁醇、乙酸和水体积比为4∶1∶1的混合溶液；所述的三种石菖蒲中含氮化合物分别为乙酰胺、胍基化合物和半胱氨酸。使用本发明的制备方法，首次从石菖蒲中分离得到乙酰胺、胍基化合物和半胱氨酸等含氮类化合物。