本发明公开了一种黄芪种子蛋白及其在抗运动疲劳功能食品中的应用，该蛋白的提取分离方法包括以下步骤：将黄芪种子粉碎后用石油醚脱脂，然后加入KH2PO4‑NaOH缓冲液搅拌浸提6‑12h，得到提取液；提取液加入粉末状硫酸铵至30％的饱和度，离心收集上清液；再加入粉末状硫酸铵至80％的饱和度，离心收集沉淀；将沉淀透析至透析液无色为止，最后冷冻干燥得到黄芪种子蛋白。本发明的黄芪种子蛋白是硫酸铵饱和沉淀法制得，硫酸铵饱和度为30‑80％。可以作为抗运动疲劳的营养补剂，添加到饼干、液体饮料、固体饮料中，使用方便，可满足喜好不同食品类型的运动人群。