本发明涉及一种燃料电池系统热管理控制装置及系统，其中控制装置燃料电池系统热管理控制装置，包括机壳以及设于机壳中的控制器，热管理控制装置包括用于接收整车控制器信号的整车CAN接口和用于连接散热器风扇的风扇控制接口，CAN接口和风扇控制接口均与控制器连接；控制器接收由整车控制器发送的散热器风扇需求后，通过风扇控制接口向散热器风扇发送PWM信号以控制散热器风扇转速，并在散热器风扇故障时向整车控制器发送对应故障代码。与现有技术相比，本发明有效解决了燃料电池进水温波动大、散热器散热量无法智能匹配燃料电池需求的难题，真正实现燃料电池出水温波动幅度控制在±1℃。燃料电池系统始终工作在50℃～70℃适宜温度区间。