本发明公开了一种免疫活性花生肽的制备方法，包括下述步骤：（1）以冷榨花生粕和热榨花生粕为原料，并对原料进行预处理；（2）将预处理后的原料进行半干法一次酶解，得到酶解液1；（3）将酶解液1进行微生物一次发酵；（4）将一次发酵后的原料平均分成三份，分别加入无花果蛋白酶、碱性蛋白酶和中性蛋白酶进行同步二次酶解，得到酶解液2；（5）向酶解液2中加入复合蛋白酶，进行三次酶解，酶解后灭酶，得到酶解液3；（6）将酶解液3进行微生物二次发酵；发酵液经超滤分离、脱色、浓缩与干燥，即得到高免疫活性花生肽。本发明能有效提高产品的免疫活性，有效去除黄曲霉毒素，具有较高的应用价值。