本发明提供一种使用超临界状态的处理流体来对基板进行处理的基板处理装置、基板处理方法以及存储介质，在该基板处理装置中，使过滤器的过滤性能充分发挥，降低处理后的基板的微粒水平。基板处理装置具备：处理容器(301)；以及供给线(50)，其将送出超临界状态的处理流体的流体供给源(51)和处理容器相连接。在供给线上设置有第一开闭阀(52a)，在该供给线的下游侧设置有第一节流部(55a)，在处理容器内的压力为处理流体的临界压力以下的期间，该第一节流部(55a)使在供给线中流动的超临界状态的处理流体变化为气体状态，在该供给线的更下游侧设置有第一过滤器(57)。