本发明提供了一种电机动子磁极初始位置辨识方法及系统，所述方法包括以下步骤：根据所述电机的电机参数计算第一电压幅值；将所述第一电压幅值分别与多个位于同一电周期的电压相位角组成多个第一电压矢量后，分别注入所述电机的线圈，并分别采样所述电机的线圈获得多个第一电流响应峰值；根据所述多个第一电流响应峰值获得多个磁极辨识位置，并从所述多个磁极辨识位置中选择一个作为动子磁极初始位置。本发明通过将同一电周期内多个幅值相同、相位角不同的电压矢量注入电机的线圈，并根据响应电流计算获得动子磁极初始位置，可大大提高磁极辨识精度和可靠性。