本发明公开了一种高运能空铁轨道系统及运行方法，包括主轨道，还包括至少一段与主轨道并行的副轨道，主轨道与副轨道之间还设置有停车轨道，停车轨道通过道岔与主轨道和副轨道连接。本系统通过在主轨道上设置副轨道和停车轨道的建立的轨道系统，载具组在轨道系统上运行时，可以一直在主轨道上匀速行驶，同时，载具组的一部分载具还可以从载具组上脱离出来通过道岔进入副轨道，最终停在副轨道与主轨道之间的停车轨道上进行上下客，同时停放在停车轨道上的载具在完成上下客后，可以通过道岔驶入主轨道，与主轨道上的载具组完成对接组成新的载具组，保证了乘客只需要在自己下车的站台停靠，而没有中途停靠浪费时间，提高了城市轨道交通的效率和运能。