本发明提供一种在CRISPR/CAS9基因编辑中提高同源修复效率的新方法，其是利用CRISPR/CAS9系统进行基因编辑，通过将MTR值控制在1×105-5×105的范围内，来提高同源修复效率。其中，所述MTR值为待敲入的外源基因DNA的摩尔数与待打靶基因摩尔数的比值。本发明依据细胞自身的同源修复机制和细胞周期特点，在基因编辑过程中通过增加修复模板DNA的用量，为基因准确修复提供丰富的模板，进而减少非同源末端连接的比例，使得修复的平衡更倾向于同源修复。本方法可使体外培养体细胞的基因修复效率提升到90％以上，比国际现行方法高出30％，具有广阔的应用前景。