本发明公开了一种电渗析处理厌氧消化液生产柠檬酸的方法，属于工业发酵技术领域。本发明的技术方案包含以下步骤：柠檬酸发酵废液经过厌氧消化产生沼气和厌氧消化液，厌氧消化液先后经过超滤膜、电渗析处理，处理后的电渗析淡水作为工艺配料水来生产柠檬酸的工艺，并构成一个环形柠檬酸生产工艺。本发明的优点是经过电渗析处理的厌氧消化液可无限循环回用，不仅消除了柠檬酸生产工艺中的废水污染，还节约了大量淡水资源，也淘汰的曝气好养处理工艺，降低了生产成本。