本发明涉及一种梅花垂枝性状紧密连锁的SNP分子标记及其检测方法与应用。本发明提供一种梅花垂枝性状紧密连锁的SNP分子标记，其位于梅花第7号染色体第11182911bp处，多态性为A/C。本发明联合GWAS分析和群体选择方法开发了梅花垂枝性状紧密连锁的SNP分子标记，该SNP分子标记在梅花杂交后代分离群体的垂枝/直枝性状鉴定中重复性好、准确性高，实现了单分子标记鉴定垂枝/直枝性状的准确率达到96％以上。本发明提供的梅花垂枝性状紧密连锁的SNP分子标记及其检测方法可实现垂枝/直枝性状的幼苗期选择，极大缩短了育种周期，提高了育种效率，降低了育种成本，可以在实践中用于梅花分子辅助选择育种。