本发明提供一种用于度量海洋移动目标轨迹相似性的方法及系统，属于海洋移动目标轨迹探测技术领域，包括：接收历史轨迹数据；对历史轨迹数据进行预处理以形成第一轨迹数据；从预设的数据库中随机选取一个未被选取的第二轨迹数据，其中，第二轨迹数据包括n个向量；根据选取的第二轨迹数据形成多个子序列；对于每个子序列，分别计算子序列的向量与第一轨迹数据的向量之间的欧氏距离以形成成本矩阵；根据成本矩阵计算累积成本矩阵；根据累积成本矩阵的计算结果获取第一轨迹数据与第二轨迹数据的各个相应子序列之间的DTW距离；判断DTW距离是否小于预设的距离阈值；在判断DTW距离小于距离阈值的情况下，将计算的DTW距离和对应的累积成本矩阵关联并存储。