本发明涉及制柠檬酸领域，公开了全淀粉制备发酵柠檬酸用种子培养基和发酵柠檬酸用培养基以及柠檬酸的方法。将全淀粉浆液与淀粉酶混合，在pH5.2‑6下与蒸汽接触，接触后温度90‑105℃，保持60‑90分；然后加氮源，pH调至4.5‑6.5并可选糖化，得种子培养基。将未糖化种子培养基与糖化酶混合，pH调至3.8‑4.5并在60‑63℃下糖化5‑20h；或将糖化种子培养基pH值调节至3.8‑4.5，得发酵培养基。将发酵菌种接到种子培养基培养；得种子液并接到发酵培养基中发酵，得柠檬酸。本发明改善了种子培养基营养成分，种子生长快速，质量稳定。发酵周期缩短，提高了终点酸度及柠檬酸转化率，降低了终点残糖率。