本发明公开了一种新能源公交车高压集成控制系统及其方法，该系统包括储能系统模块（1）、低压供电及控制模块（4）、主回路模块（5）、DCDC回路模块（3）和非车载充电插座模块（6）；非车载充电插座模块连储能系统模块，非车载充电插座模块向储能系统模块和整车控制模块（45）发送充电连接信号，用于启动充电过程；DCDC回路模块包括DCDC接触器模块（31）、DCDC模块（32）和DCDC预充模块（33），DCDC接触器模块和DCDC预充模块并联后串接在储能系统模块与DCDC模块间，DCDC模块连蓄电池模块（41）。本发明在充电时不闭合手动大闸，直接由高压经DCDC电源转换，为需要在充电时工作的低压电子模块供电，避免了蓄电池亏电的风险；复用DCDC模块降低了系统的成本和复杂性。