本发明涉及一种汽车氢燃料电池的温控系统及其控制方法，温控系统包括节温器、电子水泵、三通阀、散热器和燃气加热器，节温器的接口2与电池电堆的冷却液出口连接，节温器的接口1与电子水泵的进液口连接，电子水泵的出液口与三通阀的接口1连接，三通阀的接口2与电池电堆的冷却液进口连接；节温器的接口3与散热器的一端连接，散热器的另一端与电子水泵的进液口连接；三通阀的接口3与燃气加热器的进液口连接，燃气加热器的出液口与电池电堆的冷却液进口连接；燃气加热器连接有空气管路和氢气管路，氢气管路连接有储氢瓶，其具有结构简单、控制灵活、适应性强的优点；控制方法具有流程简单、执行效率高、安全可靠的优点。