本发明提供了一种兼顾越行功能的轨道交通接轨站配线系统，包括由第一岛式站台和第二岛式站台构成的双岛式站台，车辆段，以及分别向双岛式站台两端延伸的第一线路和第二线路；两条线路的上下行正线位于内侧，外侧为两到发线，两到发线分别与第一线路的上、下行正线连接；车辆段靠近第二线路设置，车辆段的两条出入段线通过两组交叉渡线分别与两条到发线连接。该发明中接轨站采用双岛四线布置，两条线路的上下行正线位于内侧，外侧到发线为收发车进路，并通过两个出入段线实现车辆段向两条线路双向收发车，且收发车车辆进路不影响正线行车；同时外侧到发线还可兼作为越行站待避线，适用于本站客流较小时车辆在本站实现越行功能。