本发明公开了一种基于生物识别的非付费区检票系统，包括：第一进站检票机、第一出站检票机、第二进站检票机、第二出站检票机以及与所述四个检票机连接的票务管理系统。第一出站检票机，获取乘客第一进站乘车卡信息和第一进站生物特征信息，将所述信息发送给票务管理系统；第二进站检票机，获取乘客第二进站乘车卡信息和第二进站生物特征信息，将所述信息送给票务管理系统；票务管理系统利用第一进站生物特征信息标记第一进站乘车卡信息，将第二进站生物特征信息与第一进站生物特征信息匹配，实现了非付费区的第一次出站和第二次进站换乘。本发明在乘客第一次出站时，不进行扣款和回收单程票，不仅提供了方便，减少了经济负担，也提高公共资源效率。