本发明提供了一种抗振三维堆叠电路结构及其制备方法，属于微电子封装领域，包括封装底板、密封罩设于封装底板上表面并与封装底板配合形成容纳腔的金属外壳、沿上下方向层叠设于容纳腔内的电路基板、设于电路基板上表面上的电路元件及设于相邻电路基板上的第一焊球，位于底层的电路基板与封装底板固定连接，相邻的电路基板之间还设有分别与相邻两个电路基板固接的缓冲胶层，缓冲胶层位于电路元件外侧。本发明提供的抗振三维堆叠电路结构及其制备方法，能有效提高堆叠电路结构的抗震动和抗机械冲击能力，避免焊球焊点开裂，同时避免了缓冲胶层使高频信号传输损耗增加进而导致信号传输性能恶化的问题。