本发明提供了一种金属互连结构及其制作方法，包括：形成第一阻挡层，所述第一阻挡层至少覆盖所述开孔的侧壁和底部；在开孔的底部所述第一阻挡层包裹有残留物。去除位于所述开孔的底部的所述第一阻挡层，以去除残留物。形成第二阻挡层，所述第二阻挡层至少覆盖所述开孔的底部和所述第一阻挡层。形成第二金属层在所述开孔内。第二金属层与第一金属层之间形成有第二阻挡层，所述第一金属层和所述第二金属层通过所述第二阻挡层导电实现电连接。第二阻挡层防止扩散能力强，能够有效阻挡第一金属层和第二金属层的相互扩散形成金属合金，从而提高金属互连结构制成的半导体器件的电磁兼容(EMC)性能。