本发明属于嵌入式控制技术领域，涉及一种嵌入式控制器和控制方法。一种适用于海底沉积物声学特性原位测量系统的嵌入式控制器，包括嵌入式核心板与数据采集控制板；所述嵌入式核心板用于通讯控制、数据存储与分析；所述的数据采集控制板用于控制传感器数据采集与外设开关的启闭。本发明的嵌入式控制器利用CPU处理器与单片机双控的方法，将嵌入式控制器的核心功能进行分割，既利用了集成高速处理器并移植Linux系统的嵌入式核心板多任务并发处理功能强大的优点，又利用了集成单片机的数据采集控制板实时单一控制任务性能优异，数据采集与信号判断响应时间快，控制功能执行及时的优势，使得该嵌入式控制器解决了传统的海底沉积物声学特性原位测量控制系统运行不稳定，功耗大，控制功能执行响应时间长，无法进行可视化控制等应用功能扩展等现有技术的不足和缺陷。