提供一种燃料电池系统，具备：燃料电池；燃料处理部，其用于对原燃料进行处理，来生成燃料电池的燃料气体；氧化剂气体加热部，其用于对燃料电池的氧化剂气体进行加热；燃烧器，其用于使原燃料燃烧，来生成用于对燃料处理部和氧化剂气体加热部进行加热的燃烧气体；供给控制部，其在燃料电池的暖机时，控制针对燃料处理部和燃烧器的原燃料的供给；以及发电控制部，其控制燃料电池的暖机时的发电状态。在燃料电池达到了其可发电温度的情况下，通过发电控制部使燃料电池进行发电，通过供给控制部向燃料处理部和燃烧器双方供给原燃料。