本发明公开了一种与烟草尼古丁合成主效调控基因nic1紧密连锁的共显性SSR标记及其应用，所述的与烟草尼古丁合成主效调控基因nic1紧密连锁的共显性SSR标记的编号为TM22038、TM23004和TM22041，其PCR扩增产物核苷酸序列分别为SEQ ID No.1和SEQ ID No.2、SEQ ID No.3和SEQ ID No.4、SEQ ID No.5和SEQ ID No.6所示。所述的应用为所述的与烟草尼古丁合成主效调控基因nic1紧密连锁的共显性SSR标记在检测烟草基因组DNA中是否存在纯合基因型nic1而具有低尼古丁含量烟草品种中的应用。本发明所述的共显性SSR标记具有稳定、可靠、简便、快捷和低成本的特点，因此该分子标记可以作为烟草品质育种中低尼古丁含量基因nic1分子标记辅助选择的应用。