本发明涉及燃料电池保护技术领域，尤其涉及一种燃料电池开关机保护方法、装置、电子设备及存储介质。所述方法包括：获取燃料电池所处的环境温度，以及燃料电池的开关机状态；在环境温度大于等于第一预设温度且开关机状态为关机状态时，封闭燃料电池的阴极腔；调整燃料电池的阳极腔的氢气量，以使阳极腔与阴极腔之间的压力差值处于第一预设压力范围；对阴极腔中的氧气进行消耗，并在氧气消耗过程中对燃料电池中的单体电池进行电压检测，以获得单体电池电压；在单体电池电压小于预设单体电压时，封闭阳极腔。本发明实现了燃料电池开关机保护，防止常温关机时阳极腔形成氢空界面，导致催化剂碳载体解离，延长了燃料电池使用寿命。