本发明公开了一种轨道工程施工及行车安全管理综合智控系统，包括施工安全管理系统，施工安全管理系统包括：用于接收用户施工请求信息或施工撤销信息并将所述施工请求信息或施工撤销信息通过网络发送给调度管理模块的施工作业请销模块、调度管理模块、施工安全区域划分模块、用于检测列车与施工电子防护器之间的距离且当所述距离小于预定值后施工电子防护器发出声光报警信号的施工电子防护器、用于拍摄所述施工区段并将拍摄的视频数据通过网络传输给指定终端的施工区域视频监控模块。本发明能够通过施工安全管理系统完成施工计划的请销、施工计划冲突检测、施工安全区域划分，实现了信息化、智能化的日班计划管理，提高了施工安全。