本发明公开了一种用于SPD系统的三维作业指导书自动生成系统和方法，所述系统包括：三维模型转换模块，所述三维模型转换模块与所述SPD系统连接，所述三维模型转换模块用来根据船体和舾装两个专业的模型在SPD系统中定义规则的不同特点，将SPD系统中的船体结构模型和舾装结构模型转换输出成预定生成的三维作业指导书所需要的三维模型；三维标注生成模块，所述三维标注生成模块与所述SPD系统连接，所述三维标注生成模块将基于所述SPD系统自动生成的关于船体结构模型和舾装结构模型的二维标注转换输出成三维标注；工艺信息提取与仿真模块。本发明能够基于SPD系统自动生成三维作业指导书，实现作业指导书的无纸化和数字化，提高作业人员的生产效率。