本发明公开了一种定点突变改造的褐藻胶裂解酶突变体及其应用，属于酶工程技术领域。本发明的褐藻胶裂解酶突变体是将氨基酸序列如SEQ ID NO.1所示的褐藻胶裂解酶的第212位谷氨酸替换为组氨酸和/或第222位精氨酸替换为赖氨酸。本发明通过分子对接模拟确定褐藻胶裂解酶活性中心氨基酸并进行定点饱和突变改变蛋白质分子活性位点附近氨基酸残基，提高褐藻胶裂解酶催化效率，进一步提高褐藻胶裂解酶产量。本发明构建的褐藻胶裂解酶分泌能力增强的重组大肠杆菌可将褐藻胶裂解酶酶活较出发菌株提高2.83倍。改造后的基因工程菌产酶能力显著提高，摇瓶发酵生产褐藻胶裂解酶酶活达到15000U/mL，更适合工业应用，可降低生产成本，提高生产效率。