本发明公开了一种水媒法制备高蛋白质含量亚麻籽蛋白的方法，包括，将亚麻籽原料加水进行湿法磨浆，将湿法磨浆后产物的pH调节至7.0～10.0，搅拌提取，过滤除渣，得亚麻籽浆液；将所述亚麻籽浆液第一次离心分离，得到第一轻相、中间相和第一重相；将所述中间相的pH调节至5.5～8.5，盐浓度调节至0～0.1mol/L，在温度为4～20℃下第二次离心分离，得到第二轻相和第二重相；将第二重相的pH调节至7.0～7.5之后喷雾干燥，得到亚麻籽浓缩蛋白；将第二轻相的pH调节至4.0～5.0，第三次离心分离，得到凝乳；将所述凝乳的pH调节至7.0～7.5之后喷雾干燥，得到亚麻籽分离蛋白。本发明不引入酶制剂与有机溶剂，通过条件优化，能够有效去除蛋白液中残留的脂质。