本发明提供了一种基于改性磷虾油的食品乳化剂及其制备方法。所述改性磷虾油，将磷虾油进行糖基化和酶解化处理，降低磷虾油的粘度，制备得到改性磷虾油。本发明基于改性磷虾油制备了一款高营养的天然食品乳化剂，拓宽了磷虾油在食品中的应用。本发明采用酶法水解磷虾油中的甘油三酯和磷脂，且进行磷脂糖基化，有效降低磷虾油的黏度，同时产生的甘油二酯和单甘脂可以增强磷虾油乳化性能。本发明拓宽了磷虾油在食品中的应用，同时提供了一种天然高营养的食品乳化剂。