本发明提供了一种燃料电池热管理装置及其控制方法，所述热管理装置包括燃料电池热管理台架和燃料电池，两者构成循环回路；所述热管理台架的流通管路包括两段主流通管路和三段分支管路，前者分别为流出段管路和流入段管路，所述流出段管路上连接有压缩气体管路，所述流入段管路上连接有供水装置，三段分支管路中第一分支管路为连通管路，第二、第三分支管路上分别设有加热器和散热器。本发明所述热管理台架的结构设计，可以对燃料电池的加热或冷却等不同需求进行控制，也便于对热管理台架及燃料电池的注水、排水吹扫过程进行控制，将燃料电池台架测试的多种操作集成于同一装置内，节省测试时间，提高工作效率，节约设备及操作成本。