本发明提供一种磷石膏基水泥缓凝剂及其制备方法和应用，磷石膏基水泥缓凝剂按质量百分数计，由90～95％磷石膏、3～6％矿渣粉或粉煤灰、2～4％钙质生石灰粉或钙质消石灰粉或电石渣粉混合后，外加适量碱激发剂混合、成球制得；所述碱激发剂的用量折算成Na2O的质量计，为所述矿渣粉或所述粉煤灰用量的6％-15％。本发明可对磷石膏中的可溶磷、氟等进行有效吸附和固化，并对有机物进行中和，从而大大降低磷石膏中有害物质对水泥凝结时间和早期强度的不利影响，且本发明的磷石膏基水泥缓凝剂陈化时间短，大大提高了磷石膏基水泥缓凝剂的生产效率。