本发明属于生物技术领域，具体涉及一种基于全基因组选择烟叶产量预测方法及应用。本发明通过获取候选预测模型中烟叶全基因组数据；实时筛选优化烟叶全基因组数据；生成烟叶产量预测数据。可以实现利用烟草苗期（或是早期）的基因型数据来计算或模拟出其成熟期烟叶产量性状表型值，并且可以通过分析烟草群体或烟草品种的基因型数据，在全基因组范围内，预测烟草成熟期产量性状表型值数据，实现于烟草苗期时获取成熟期产量性状表型值数据，而本发明预测方法及其运用操作方便、快捷、高效、科学，以及预测结果精准可靠。