本公开提供一种去除毕赤酵母表达重组蛋白聚集体和/或降解片段的方法，具体提供对含有毕赤酵母表达重组蛋白的发酵液采用多模式色谱树脂进行纯化的方法，其中在发酵液样品上样步骤和洗脱步骤之间包括乙醇淋洗的步骤，所述乙醇淋洗的步骤能够减少纯化产物中重组蛋白降解片段和聚集体。在对于重组人血清白蛋白‑人粒细胞集落刺激因子融合蛋白毕赤酵母发酵液采用Capto MMC层析纯化的方法中，洗脱前采用5‑20%的乙醇淋洗能降低产物中降解片段和聚集体的含量。与浓度为5%的乙醇相比，采用10‑20%的乙醇对降解和聚集体的去除效果有显著提高。