本申请实施例中提供了飞行器复合控制方法、控制装置及存储介质，飞行器复合控制方法包括：根据姿控喷管控制力及安装位置计算姿控喷管控制力预估系数，根据飞行器气动特性以及飞行状态数据计算平板空气舵控制能力预估系数，根据姿控喷管控制力预估系数以及平板空气舵控制能力预估系数分配飞行器控制指令生成姿控喷管控制指令以及平板空气舵控制指令，最后根据所述控制指令控制姿控喷管及平板空气舵。本申请提高了飞行器的可控性，解决了由于飞行器飞行初始阶段加速慢长时间处于低速状态，飞行器初始段控制力不足导致的飞行器本体稳定性及可控性差的问题。