一种用于衬底处理系统的控制器包括电阻计算模块，其被配置为：接收分别与衬底支撑件的第一加热器元件和第二加热器元件相对应的第一电流和第二电流；接收分别与所述第一加热器元件和所述第二加热器元件相对应的第一电压和第二电压；基于所述第一电压和所述第一电流计算所述第一加热器元件的第一电阻；并且基于所述第二电压和所述第二电流计算所述第二加热器元件的第二电阻。温度控制模块被配置为分别基于所述第一电阻和所述第二电阻以及相应的在所述第一电阻和所述第二电阻与所述衬底支撑件的第一温度和第二温度之间的关系来分开控制提供给所述第一加热器元件和所述第二加热器元件的功率。