本发明一种微生物自愈合防水抗渗砂浆及其制备方法，所述砂浆的组分按重量份数计，包括水泥70～100份、矿物掺合料10～20份、砂250～400份、水70～90份、原剂5～10份、引气剂5～10份；原剂包括轻骨料、微生物和养分，微生物为嗜碱芽孢杆菌、球形芽孢杆菌、巴氏芽孢八叠球菌或巴氏芽孢杆菌，养分为尿素和可溶性钙盐。制备时加入水、水泥、矿物掺合料和砂，混合均匀后得到混合体系A，再向混合体系A中加入原剂和引气剂，搅拌均匀得到微生物自愈合防水抗渗砂浆。本发明制备过程简单，成本低，提高防水抗渗性能的同时，不影响其施工和易性及强度性能。