本发明实施例公开了一种控制信号同步的方法、装置、系统、车辆及存储介质。其中，该方法包括：所述主控制单元根据第一载波信号生成同步时钟信号；所述从控制单元接收所述同步时钟信号，并计算所述同步时钟信号与第二载波信号的相位差；所述从控制单元根据所述相位差通过锁相环PLL调节控制所述第二载波信号和所述第一载波信号的相位同步；所述主控制单元根据所述第一载波信号和指令信号生成第一脉冲宽度调制PWM信号以及所述从控制单元根据所述第二载波信号和所述指令信号生成第二PWM信号。本发明实施例提供的技术方案，能够实现PWM信号的同步，从而减少车辆驾驶过程中产生的异常振动。