本发明提供了一种变刚度关节轨迹跟踪控制方法，步骤包括：根据被控制的变刚度关节机械臂建立动力学模型的状态方程，并拆分为连杆位置子系统和刚度电机子系统两部分，分别对各子系统建立虚拟控制律进行控制，最后对各子系统输出的位置电机力矩和刚度电机力矩做饱和补偿以及干扰补偿；本发明的控制方法，接收到外部的指令后，基于反馈回来的变刚度关节机械臂实际状态信息、受饱和约束后的电机力矩信息、扰动信息，对输出的电机力矩做实时修正，提高了跟踪控制精度。