本发明提供一种从制糖离交脱色产生的纳滤浓缩液中提取天然色素的工艺，具体涉及色素提取工艺领域，具体步骤如下：S1、用50至70℃温水和离交废液混合进行纳滤透析，其中纳滤透析的截留分子量为30～240Da；压强为6～10MPa；pH值为3～7；温度为33～42℃；浓缩比为15至30倍；S2、经纳滤浓缩透析除盐后获得8至12％浓度的有机色素，然后经过蒸发设备浓缩获得固形物含量为60至74％的色素浓缩液；蒸发设备调整蒸汽量和真空度控制压力为80mmHg；S3、经杀菌的色素浓缩液再经纯水换热降温到33至37℃装桶入库。本发明可减少工厂污水COD排放量，降低污水氯根含量。