本发明公开了一种基于支流水库联合补水的干流排沙优化调度方法和系统，属于河道水沙调控领域。本发明考虑了河道输沙过程中输沙量对支流水库联合补水作用的响应，充分发挥流域各支流水库补水对河道冲淤效益的促进作用，有效提高了河道冲淤效益及流域水沙调度效益。本发明利用河道断面历史场次洪水的排沙比与来沙系数数据，建立BP网络模型用于河道输沙过程的排沙比计算，与GA算法结合求解支流水库联合补水排沙优化调度模型，为流域河道水沙调度研究提供了一种新的思路和方法。