本发明公开了一种分子筛合成碱性废液的处理方法及工艺系统，属于资源再利用领域。包括：将分子筛合成碱性废液与酸性气体发生吸收反应后进行固液分离，得到滤饼I和滤液I；将步骤1所得滤液I经浓缩后得到浓缩滤液，将所得浓缩滤液与无机碱性化合物发生复分解反应后进行固液分离，得到滤饼II和滤液II；其中，将所得滤饼I制备成硅溶胶后回用于分子筛合成过程中，所得硅溶胶作为硅源；将所得滤液II回用于分子筛合成过程中，所得滤液II作为碱源和模板剂；其中，所得滤饼II作为副产物进行处置。本发明通过合理的结构设计公开了上述处理方法的工艺系统，实现分子筛合成碱性废液中硅源、碱源、模板剂等物料的回收，降低成本，易于规模化应用。