本发明公开了一种下伏软弱地层隧道长期沉降的主动控制结构及其控制方法，包括隧道、辅助洞和主动控制组件，所述隧道开设在软弱围岩内，所述辅助洞开设在位于所述软弱围岩上方的地层，所述主动控制组件连接在所述辅助洞与所述隧道之间，所述主动控制组件包括若干组加固单元。本发明可以通过辅助洞对失效后的预应力锚索进行调整或更换，可以根据沉降的变化对预应力锚索的预应力进行动态化调节，对沉降的控制能实现主动的可调节性和精准调控，有利于维护隧道的长期运营。