本发明公开了一种风电机组轴系实时疲劳寿命预测方法及系统，包括新运行风机轴系的寿命预测方法及系统、和历史风机轴系的寿命预测方法及系统，所述新运行风机轴系的寿命预测方法及系统包括：获取风机运行参数，形成风速‑湍流矩阵；将风速‑湍流矩阵输入至预先构建的轴系风速‑湍流组合疲劳损伤矩阵模型，得到轴系统的实时疲劳损伤值；对运行周期内的实时疲劳损伤值进行累计分析，得到风电机组轴系的疲劳寿命。本发明的预测方法及系统均具有能对新运行风机和历史风机进行精准寿命预测等优点。